1.申請的限制：通常銀行對於金流申請條件會較為嚴謹，限制也會比較多，大部分須為公司或行號，請必須要經營滿一定的年資，必要時須附上401報表，且販售的商品需為實體商品，而金流公司的限制就不那麼困難，部分金流公司也開放個人申請。
2.申請的費用：一般申請網路金流需支付「年費」與「手續費」，而銀行收取的是「每筆交易手續費用」，通常會比金流公司費用低一些，因為金流公司的收入來源，大多就是靠每筆交易的手續費所賺取的價差。
3.申請的時間：通常銀行申請的審核時間會比較久，所需要準備的資料也會比較多；金流公司則依規定辦理，大約一週內即可申請完成。
4.入帳的天數：銀行入帳天數較快，通常是約1-3天內入帳，金流公司則是7-13天入帳。